可重用HPC软件计算环境:Singularity简介

本课介绍使用Singularity HPC容器平台。 Singularity特别适合在用户没有管理权限的基础设施上运行容器,例如高性能计算 (HPC) 集群等共享基础设施。

本课将从头开始介绍 Singularity,向您展示如何运行一个简单的容器并构建您自己的容器并在 HPC 基础架构上运行并行科学工作负载。

先决条件

本课有两个核心要素——运行容器_和_构建容器。每种方法的先决条件略有不同,下面将对此进行说明。

正在运行的容器:(第 1-5 节和第 8 节)

  • 访问预先安装了 Singularity 的本地或远程平台,您可以作为用户访问(即不需要管理员/root 访问权限)。
  • 您将使用的平台还应安装 MPI(第 8 节需要)。

构建容器:(第 6 节和第 7 节) 构建容器需要访问安装了 Singularity 的平台,您还可以在该平台上进行管理访问。如果您运行 Linux 并且对遵循 Singularity 安装说明,那么可以选择直接在您的系统上安装 Singularity。但是,我们强烈建议在这部分中使用 Docker Singularity 容器。课程材料的相关部分提供了有关如何使用容器的详细信息。因此,为了支持构建容器,先决条件是:

  • 访问安装了Docker的系统,您可以在该系统上运行 Docker Singularity 容器。

  • 访问本地或远程基于 Linux 的系统,在该系统上您具有管理员 (root) 访问权限并且可以安装 Singularity 软件。

时间表

准备事项 下载课程需要的文件
Day 1 00:00 1. Singularity: 入门 什么是Singularity,我为什么要使用它?
00:50 2. Singularity缓存 为什么 Singularity 使用本地缓存?
Singularity 在哪里存储镜像?
01:00 3. 使用Singularity容器运行命令 如何在容器中运行不同的命令?
如何访问容器内的交互式shell?
01:15 4. Singularity容器中的文件 如何使数据在 Singularity 容器中可用?
Singularity 容器中默认提供哪些数据?
01:35 5. Singularity使用Docker镜像 如何将Docker镜像与 Singularity 一起使用?
01:50 6. 为构建Singularity镜像做准备 构建Singularity镜像需要什么环境以及如何设置?
02:25 7. 构建Singularity镜像 如何创建自己的 Singularity 镜像?
03:25 8. 使用Singularity容器运行MPI并行作业 如何从Singularity容器设置和运行MPI作业?
04:35 完成 ✅

实际时间表可能会因自己学习选择的主题和练习而略有不同。